En el Pleistoceno, los hielos cubrían la tierra y el nivel del mar estaba a 150 metros por debajo del nivel actual. Con los periódicos deshielos, el agua escavó profundos agujeros en la superficie terrestre. El agua en combinación con el dióxido carbono atmosférico es capaz de disolver las rocas calizas, produciendo profundas simas. Pasó el tiempo, los hielos se fundieron quedando limitados a los polos, y las simas quedaron sumergidas en el mar. Contempladas desde el aire, el agua que se encuentra sobre las superficies de estos abismos, a consecuencia de la mayor profundidad que el entorno, son más oscuras. Se les conoce como agujeros azules.Los agujeros azules se encuentran en todos los océanos. El más hondo se encuentra en los mares de China, en las proximidades de las Islas Paracel. Según los datos obtenidos por robots submarinos, en esta fosa, conocida como El Hoyo del Dragón, la profundidad de este agujero, de paredes casi verticales, es de 300 metros. La medida exacta dependerá de ajustar datos cómo los niveles de marea, temperatura, salinidad y densidad del agua marina. 

El segundo en profundidad se encuentra en las costas de Belice y alcanza 123 metros de profundidad y un diametro de 300 metros. Recibe el nombre de Great Blue Hole (Gran Agujero Azul).
Este lugar se hizo famoso por los trabajos del oceanografo Jacques Cousteau que lo exploró buceando en 1960.

Las inmersiones demostraron cual era el origen geológico de esta sima marina, encontrando en las paredes del abismo, cuevas horizontales con estalactitas y estalactitas. Este tipo de formaciones indican que en su día estuvieron sobre el nivel del mar y que el agua dulce y la atmósfera esculpieron estas catedrales sumergidas.

También observó que ciertas especies de tiburones elegían estos agujeros como vivienda. Es el caso del tiburón de punta negra y el tiburón toro. Sin embargo, cuando aumenta la profundidad, las condiciones ambientales cambian. La falta de circulación del agua marina y la escasa iluminación priva de oxígeno a las posibles especies colonizadoras. Si las algas no pueden realizar la fotosíntesis por ausencia de luz en estos agujeros y las aguas superficiales no fluyen como en las aguas abiertas, falta el revitalizante oxígeno. Únicamente cierto tipo de bacterias, conocidas como anaeróbias son capaces de vivir en medios de estas características.

En las Islas Bahamas las leyendas sobre los agujeros azules, la mayor parte de ellos inexplorados, hablan de desapariciones misteriosas de buzos y nadadores ocasionadas por un mítico animal, el Lusca, de mas de veinte metros de longitud, extraño cruce de tiburón y pulpo, provisto de largos tentáculos y dientes como puñales, capaz de nadar a velocidades sorprendentes, dejando a su paso un rastro de agua burbujeante. Este terrible monstruo se oculta por el día, prefiriendo la noche para cazar a sus desprevenidos víctimas. Aún no ha sido fotografiado de forma creíble o capturado a la manera de un Yeti de las profundidades.